相互抹账的专用发票抵扣问题。《大连市国家税务局关于明确增值税若干业务问题的通知》(大国税函[2006]126号)规定，《大连市国家税务局关于明确增值税若干税政业务问题的通知》(大国税发[1997]226号)第五条中：“增值税专用发票的开票单位与收款单位不一致时，未经市国税局批准不得申报抵扣进项税额。企业因相互磨账造成的专用发票开票单位与收款单位不一致时，经主管税务机关批准，可凭有效合同及发票复印件确认抵扣”的规定停止执行。开票单位与收款单位不一致时，按照国税发[1995]192号文件有关规定执行，不得申报抵扣进项税额。

根据上述规定，大国税函[2006]126号文件中针对相互抹账的专用发票抵扣问题，停止执行，经主管税务机关批准，可凭有效合同及发票复印件确认抵扣的规定。相互抹账仍执行国税发[1995]192号文件规定的，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。